Для тех, у кого схожая ситуация: Проблема частично решается выделением бОльшего количества ресурсов хостинга. Возникает при большом количестве товаров в магазине при инициализации процесса создания новых миниатюр, от такой нагрузки сервер начинает загибаться и возникают артефакты на миниатюрах.
в ответ на Webasyst портит изображения при создании миниатюр