Предлагаю настроить экспорт товаров в cvs файл таким образом, чтобы 1 товар выгружался 1 раз, то есть 1 товар - 1 строка, а категории, в которые он входит были указаны в столбиках.
На данный момент, если 1 товар входит в 6 категорий, он выгружается 6 раз. Соответственно, чтобы пополнить файл новым товаром, его нужно скопировать 6 раз (во все категории).
Разве такой экспорт-импорт является уменьшением труда по сравнению с ручной загрузкой товаров?